分子生物學的證據
駁一半發現Yenchin有駁過，借來貼（水藍色就是）。
在我們還沒有嘗試從分子生物學找證據之前，需要檢討一下我們已經知道什麼，而需要知道的又是什麼？
我們在第五章中已討論過，若要將生物分門別類，我們需要尋找生物之間的相同構造，代表它們彼此的關係。在達爾文主義盛行前後，分類學家都同意這些關係不是虛構的，而是生物在自然界實實在在的特徵。相信本體論的學者反對進化論，認為這些自然界的模型，可能是神的心中藍圖。達爾文主義者摒棄這種模式，接受共同上古祖先進化而來的過程。
化石中生命的歷史是達爾文主義一個重要的試驗，因為在自然界中一直找不到中間的生物，在現在的生物中，尤其是目、綱和門之上的類別，都是中斷的；每種生物只屬一個目、綱和門，並沒有銜接的中間物。就算奇怪的肺魚和鴨嘴獸也不例外：前者是魚，後者是哺乳動物，在達爾文時代以前的分類學家，會以這些證據來反對生物進化論。
很愚蠢的說法。
所有生物在分類上必然會被分類在某界（門綱目科屬種），科學家未曾因為是「過度物種」就多一個「過度物種門（綱目科屬種）」，但是我們也可發現同級分類中（如同綱）之中常見內部差距比外部更大的，如「鯨」與「魚」、「鯨」與「人」，很明顯鯨更像魚（外觀）。
上面的虎爛就是神創論者常用的「迷思概念」，把本質主義滲透到物種中，認定物種與物種間存在極大的鴻溝（比如說常常拿「魚」和「人」比較，廢話～不同綱，怎不比較人和黑猩猩？），然後說沒有中間化石（比如說「魚和人」的中間化石，不同綱的有中間化石…=
=）。
身為哺乳類的鴨嘴獸為何生蛋？哺乳類都生蛋？？
身為魚類的肺魚為何能呼吸空氣？所有魚都能呼吸空氣？？
原則上達爾文主義者並不否認生物類別的中斷性，但他們將這現象解釋為中間生物在進化過程大量地被淘汰，因而絕種。有些進化論學者如理查‧道金斯更對這些中斷現象引以為榮，好像是達爾文主義的新發現一樣：
請注意現代物種的分類模型是「Populational
Thinking（群體觀念）」，就算是「種內」也是有差異的。
階梯狀物種模型成了常態曲線物種模型，在曲線的兩端則與其他物種相連（也就是「帶狀」物種分布）。
當我們研究種以上的現代生物時（或在進化歷史中某一階段的生物），我們找不到某些粗陋的中間物。如果有動物像是一個中間物，進化論學者確信它們必屬於兩者中的一種，如哺乳綱與鳥綱的中間物應是哺乳動物或鳥。我們需要明白，所有哺乳動物如人類、鯨魚、鴨嘴獸和其他品種，都與魚類有同樣的親戚關係，因為所有的哺乳動物都是從魚類經過同樣一個共同祖先進化而來。
對於律師先生的斷章取義已經厭煩的我不想批評了….= =
早就信用破產了～= =
上面講的和我兩段前說的沒啥不同。
道金斯還說，謝天謝地，幸虧化石證據是不完全的。一個完全的化石證據也許會使分類學變為主觀的東西，因為所有的生物都彼此銜接。其他一些達爾文主義者也有相同的見解，但是我們這些喜歡求證的人要問：究竟這論調能否被客觀的實驗和觀察衡量？在第四章和第六章我們已指出達爾文主義者的難題，就是如何將他們所認為的生物進化的連續性，與化石中“遺失之環”的證據相協調，更要解釋化石中一種普遍的現象––化石的穩定（即長久沒有重要的改變）。今日，正如達爾文在
1859
年出版的《物種起源》時一樣，化石的證據仍需要進化論者的含糊態度來解釋。
「完全的化石證據」是不可能的東西（每一代都留化石？）
含糊？
提出理論叫做含糊？
那不提出理論叫做什麼？清楚？？（只負責放屁，果真簡單）
達爾文主義不僅認為祖先慢慢進化成後裔，而且也解釋這些進化過程如何產生新的生物和複雜的生物構造。這套自然選擇機制被稱為達爾文主義最重要的理論，我們在第二和第三章已經分析過，自然選擇的創造力並無充足的實驗證據，但達爾文主義者卻認為這是放諸四海而皆准的金科玉律。他們雖然口頭上否認這立場，但他們一直都引用它支持生物種類的進化和穩定：若有新種產生，這要歸功於自然選擇的創造力，若古生物沒有進化，也要歸於選擇作用的穩定力！若有些種類群體絕種，其他種類卻能遺傳下來，這要歸功於生存的種類抗衡生物絕種勢力的本能。
看到一堆達爾文主義者才想到，方舟子翻的那個文章裡面提到這個律師先生濫用「達爾文主義者」這個名詞，不但代表哲學上的達爾文主義，還兼代表「演化論者」、「演化論」甚至「唯物論」…
亂七八糟的攪和在一起～～= =
「自然選擇的創造力並無充足的實驗證據」…多久以前的資料？
「環境創造新物種」又來了，這種觀念就是「鼻子為了架眼鏡而生」，如果演化論有講這些，演化論確實荒謬，問題是，沒有。
雖然達爾文主義者一直認為自然選擇並非唯一的進化機制，但他們卻含糊第對待其他機制的重要性。譬如他們並不否認生物“巨變”的可能性，但除了少數例外，卻強調巨變不能產生新種或複雜的構造。對於”有系統的巨變”理論（即生物體內各構造能有系統地在一世代中全部改變成為新的個體），他們強調只能是遺傳學上的“神跡”。有些“中性”的進化，或“基因漂移”現象，實在是極有可能發生的，但達爾文主義者認為這些因“中性突變”而來的異態，根據某些邏輯上的必需，一定要經過自然選擇來淘汰選擇。
又是把「跳1公尺」和「跳1公里」放一起混過去的廢言。
至於其他機制～如「性擇」，哪含糊了？（大概是神創論者的腦袋含糊了吧～）
上述立場是根據達爾文主義的立論順序引申而來，要是自然選擇是創造者，無論如何微小的突變都會影響生物的繁殖功能。譬如上文所引述道金斯所論及翅膀的進化，他認為最初差不多不能察覺的小突變一定使生物得到戰勝環境的優勢：可能是使生物在掉落時不會折斷它的頸項。要是突變對生物的生存或繁殖沒有多大影響，自然選擇作用只能在翅膀已進化到一個相當地步，才可影響生物的運作。這種理論稱為“具體選擇論”，乃是強調自然選擇作用因影響小突變在生物生存和繁殖上的趨勢，引致複雜生物構造的進化。
扭曲的說法，還是一樣地把「馬車」在「馬」出現前發明出來，憑哪一點說中間型翅膀是用來飛的。
自然選擇直接影響環境中顯示的生物“表型”【注一：表型（phenotype）是指生物的外貌，更確切地說，是指生物的遺傳因子型與環境的相互作用所產生的特性，因子型是生物體內蘊藏的基因，決定生物的繁殖和生長方向。】。但是邏輯上的引申，需要同時影響生物的基因。知名的權威恩斯特‧邁爾在
1963
年正當分子進化論萌芽之際曾作如下聲明：「在漫長的時間中任何基因的突變，不會不具有幫助生物生存或使之淘汰的特性。」
1963…40年前…
簡單的說，突變理論上有三型，「良性」（先驗的更適應環境）、「惡性」（致死或更不適應環境）、「中性」（無表現或者「暫時」不被天擇選擇），要更細緻點，這三型當然還各自包括「增加」、「減少」、「改變」三種「表現型」。
其中「中性」最怪異，他的突變不影響天擇，也因此可以隨便囤積（當然包括半路消失～）。
上述檢討的目的，是指出在分子生物證據中，需要找到樣本和新發現，才可證實達爾文主義的準確性；我們需要證實這些進化祖先和中間生物在過去的生物歷史中生存，同時也要證明自然選擇加上無目的的基因突變創造出的生物種。僅僅找到生物之間的關係是不夠的，最要緊的是這些關係經過一種長期的自然作用，進化成為不同的種類，產生許多種類之間的生物，不需要依靠造物主超自然的力量。要是達爾文主義不採用這定義，我們根本沒有任何科學上的根據，用以解釋生物如何發展成為今日複雜多樣的面貌。我們不能貿然把無知當成知識，只因它叫做進化論。
根據這些大前提的闡釋，讓我們看看實驗的證據，是否證實自然選擇的創造能力、進化祖先和中間生物的存在。
基於生物化學的發展，我們不僅能比較生物外貌的特徵，也能分析它們體內的分子構造。在細胞中的巨分子包括蛋白質，是生化作用的媒介；核酸，主導蛋白質的合成。這兩種巨分子的成分和構造的研究進步迅速，我們根據這些分析可以比較並衡量不同生物的蛋白質和核酸構造的異同。
每一個蛋白質巨分子是一長列的氨基酸，好像一句話中字詞的排列一樣。20
個較簡單的有機物氨基酸，能以不同的排列彼此結合成為蛋白質，一種如血紅蛋白一樣的蛋白質按照生物種類的差異有不同的構造，這些相異之處可按照氨基酸排列的比較來測量彼此之間的差別。譬如有
100 個氨基酸的蛋白質中有 80 個相同和 20
個相異的排列，生物化學家就認為這兩種蛋白質的分歧率為
20％。
生物化學家採用類似的技術來衡量脫氧核糖核酸和核糖核酸的鹼基排列，因此他們可用這些巨分子的異同來鑒定生物之間的分歧率。究竟這種鑒定標準是否正確，還是人言人殊的問題。不同巨分子的比較帶來不同的分歧率，往往巨分子的比較與其他生態（如化石）的比較不相協調，而且分子的異同與其他構造的異同不一定有連帶關係，譬如所有的蛙類外形相仿，但他們的巨分子相異的程度，可與包括鯨魚、蝙蝠、袋鼠等各異態的哺乳動物的差異相仿。
不正確，近似物種之中有特定基因是近似的，這也就是為什麼蛙類外形相仿的原因，反演化論的人還是在拿「演化相異」的地方攻擊「演化相似」。
資料太老？現在都在基因定序了….= =6
把DNA切切割割成許多段，然後加以分辨上面鹽基的技術～是1991年的「律師」想不到的東西吧～
OK～我們來看看基因。
基因中有一大堆是垃圾基因（無作用基因），剩下有些是啟動關閉的基因，有些是製造蛋白質的基因，因為這些製造蛋白質的基因是靠自己的鹽基轉錄為mRNA，而用以運載連結成蛋白質的載體tRNA每個都得配合這個「藍圖」，且運載的胺基酸有專一性，所以可以藉著拆開蛋白質鏈來「間接觀察」DNA序列。
學者不僅不因這些難題而氣餒，而且還聲稱分子分類學比其他生態分類學更客觀。這些分子分類學的研究也帶來不少哲學上的推論，其中關於”人類的進化”這一敏感問題最值得注意，因為根據分子分類學，人類和黑猩猩的關係比黑猩猩與其他靈長類動物的關係更密切。然而，人類雖在基因排列的順序上與黑猩猩相仿，二者基因系統所包含的信息卻有顯著而重要的差異，但是某些達爾文主義者的著述中，這種矛盾之處卻被忽略，在梅蘭特‧埃迪和唐納德‧約翰遜的《基因藍圖：解開進化之謎》（Blueprints:
Solving the Mystery of Evolution）一書中，他們輕描淡寫地說：「雖然人類與黑猩猩和大猩猩外貌上完全不一樣，但這些相異都是表面的，在那些重要的地方––它們的基因––三類動物有
99％相同。“而”那些重要的地方只是他們哲學推論的產品。」
日本正在進行那剩下來
1% 的研究，99% 的相同使人類跟黑猩猩同類， 1%
的相異使人類跟黑猩猩有所區別，老話一句，拿「相異」攻擊「相似」。
基因是「生命的藍圖」，比起來外表的性狀雖然顯眼，但卻不如藍圖「基本」。
因為達爾文主義者的基本假設是生物之間的關係代表同源進化的關係，他們認為分子結構的相似乃是證明“進化的事實”。他們也認為各分類學家所推論而得的結果，是達爾文主義所預料的，在這些錯誤的大前提下，這些人與猿之間有
99％的分子結構相同，成為證明其理論的關鍵。
分類到今日，已經成了為了方便研究各物種的連帶關係而作，不是為了把物種分開。
直接打成「錯誤的大前提」～～= =
依照「演化論」，生物會改變，也就是說～基因會改變（生物是照基因「蓋」的）。
而不管是漸變還是躍變，理論上演化關係越「靠近」的物種，體內的DNA越相似，這是很正常的推論。
這是一種根本誤解，達爾文並沒有發明或改變分類學，他的貢獻是以唯物主義的機制來解釋生物多樣性的來源。他認為，分類學者所認定的類族之間的差異是客觀存在的，而非如圖書館用作分類書目的主觀性系統。達爾文理論面世之前，分類學者已注意到人與猿猴外貌上有很多相似之處，因此相信創造論的林耐這位分類學的鼻祖肯定地將人類與猿猴放在靈長類之中，這些基因上的相同其實是證實了林耐的學說，而不是達爾文的學說。它告訴我們，猿猴與人類在某些地方有顯著的相同處，好像他們在其他方面有顯著的相異處，但是基因結構並沒有解釋這些相同或相異從何而來。
真能虎爛～= =
基因出來後林奈的分類還被修正過，這段文章（以及前面若干地方）使用了所謂的
stolen concept
邏輯謬誤（我講「使用」是因為作者是法律教授，對於邏輯謬誤是絕對有概念）。
現在基因定序的研究發現，人「屬」中可能還可以放進「黑猩猩」、「矮黑猩猩」這些「人」，看來人類獨占人科的分類法岌岌可危啊～～= =
林奈當時認定物種絕不改變，後來的人卻從生物中觀察出「物種會改變」，且物種不是林奈設想的「梯次型」而是「常態分布」型～所以從本質主義冒出來的林奈分類法就被取代囉～
分子生物的證據說明一件事實：大自然中的生物類別是彼此隔離的，其間並無仍然存在的過渡生物。在多種生物體內的蛋白質，細胞色素
C
是一個備受注意的研究對象。有一個參考圖案列出細菌的細胞色素C與其他包括哺乳動物的複雜生物，如飛鳥、爬蟲、兩棲類、魚類、昆蟲，及果類植物的細胞色素
C
的氨基酸排列的比較：細菌與兔、龜、企鵝、鯉魚、螺旋蟲比較有
64％左右的差異，與向日葵比較大概69％的差異，但是單與動物包括昆蟲和人比較，卻只有
64％–66％的差異。
怎麼說明？沒講～
差異有何意義？也沒講。
鬼話連篇外加誤導讀者
首先就鬼話連篇的部份，以下僅針對人類，向日葵，黑猩猩三種生物的細胞色素Ｃ(Cytochrome
C) 氨基酸序列進行比較，鏈結部份是這些序列出處
人類：mgdvekgkki
fimkcsqcht vekggkhktg pnlhglfgrk tgqapgysyt aanknkgiiw gedtlmeyle npkkyipgtk
mifvgikkke eradliaylk katne
黑猩猩：mgdvekgkki
fimkcsqcht vekggkhktg pnlhglfgrk tgqapgysyt aanknkgiiw gedtlmeyle npkkyipgtk
mifvgikkke eradliaylk katne
向日葵：asfaeapagd
pttgakifkt kcaqchtvek gaghkqgpnl nglfgrqsgt tagysysaan knmaviween tlydyllnpk
kyipgtkmvf pglkkpqera dliaylktst a
何來 “64%”差異之說？笨蛋都看得出來人類與黑猩猩的序列比較像，創造基本教義白目除了細胞色素Ｃ之外，還會用各種各樣的細胞分子誤導人，像是溶解酶，並且用一些其他生物代替「向日葵」，像是雞。
再談誤導的部份，這種數據主要是利用一種誤導的演化觀念，好像同類型的生物其氨基酸序列應該要相近，其實不然，應該是「共同祖先相近」的生物其氨基酸序列相近。澳洲的創造論科學家群「創世紀之答案」(Answers in Genesis)首席科學家Jonathan Stuart曾舉一個例子說生物阿法血紅素蛋白(α-hemoglobulin)氨基酸序列中，鱷魚的序列和雞的較相近，但卻和百步蛇相差較遠，事實上以演化論來說這是非常正常的現象，鱷魚和雞(及鳥類) 的共同祖先確實較百步蛇 (及其他蛇類)近。
根據細胞色素 C
的研究，芝麻、蠶與細菌之間的差異，可同人與細菌的差異相提並論，其實每一類的植物和動物與細菌中的細胞色素
C，都有相同的分子距離，在這些多細胞生物與單細胞生物之“間”，不能找到生存的中間生物，要是巨分子現在的氨基酸排列，是由一種簡單的祖先分子慢慢進化而來，那麼在生物之間應有過渡性的中間分子，但是比較現在生物的巨分子，卻無法判斷這些中間分子究竟是否存在。
作者以為基因差異「應該」要一個 bp 一個 bp 慢慢變化？
你和你弟之間有沒有中間分子？
這裡很愚蠢的再度端出「細菌」演化成人類的大帽子～卻忘了現在所有生物都走過這段演化時間，有一樣的「差距」是應該的事情～
我們看看別人怎麼說，作者：斯各特(Eugenie C. Scott), Ph.D.
當我們用生物化學的方法，把虎、獅和熊與靈長類相比，它們顯示了大約相同的遺傳差異程度，約翰遜認為這個結果是「令人震驚」和「出乎意料的」。恰恰相反，如果像我們所設想的那樣，演化是一個不斷地從各個支系分化、分裂的過程，這個結果正是我們所意料的。這些資料顯示了自從基因庫被共用之後，已經過了多長的時間。現存的獅、虎和熊都是同一個支系（食肉目）的近期成員，這個支系是從與靈長目共同的祖先分化而來的，後來再分化成一個貓科和一個熊科。這樣，所有現存的獅、虎和熊的物種，從與靈長類共同的祖先算起，都演化了相同長度的時間，而顯示了相同的遺傳距離。分子資訊獨立地確認了，在生物之中存在著分化的、有層次的關係，最好的解釋是由共同的祖先經有修飾的傳代而來。
簡單的說，我們的祖先是「古代的生物」，現在的生物與我們是兄弟同輩的關係，不是前輩晚輩，更不是祖宗子孫。
其他分子證據指出前所未見的重要分類上的結構：一位名叫沃斯的生物化學家曾研究生物體內的核酸中的鹼基排列，這些核酸在細胞中的蛋白質製作過程中是一個重要的媒介，在他的理論發表之前，生物細胞構造學已將生物分成兩大類：真核細胞生物（eukaryotes，如動植物）和原核細胞生物（prokaryotes，如細菌類），後者沒有真正的細胞核，前者的細胞核有核膜包圍。沃斯發現在原核細胞生物中也分成兩大類，它們彼此之間的差異與原核細胞和真核細胞之間的差異一樣大。
真核生物是原核生物「潛入」其他原核生物體內產生的。
證據就是粒腺體、葉綠體這些胞器都擁有自己專屬的基因。（而且和細胞核基因完全無關）
這種發現將生物界按照細胞結構的標準，分為三大類：沃斯稱普遍公認的原核細胞為真細菌（eubacteria），稱自己所發現的細菌為古細菌（archaebacteria），
這些古細菌都在極端的環境下生長：一種缺氧細菌能製造甲烷，另一種生長在鹽分極高的環境差不多是在這種環境下絕無僅有的生物，還有另一種在高溫如硫礦溫泉的環境中繁殖，沃斯認為這些細菌的生存環境，是地球進化的原始狀況，因此稱它們為古細菌，暗示它們可能後來進化成為真細菌，但是這兩大類之間有重要的基本差別，不能有彼此進化關係，它們之間有分子及其他具體特性上極大的差異，其間並無中間生物。
上段好笑程度︰A
菌不能抗藥，A 突變菌能抗 50mg 的藥，但我們找不到抗 25 mg的菌
反演化論者用「為什麼不慢」來攻擊快的地方。而且，套句教徒的傳教話︰看不到表示沒有嗎？
為什麼反演化論的人常常不想到「滅種」兩個字呢？因為這是舊約上帝常搞的丟臉事？
現在是五界了（又是老資料）。
原核生物界、原生生物界、真菌界、動物界、植物界。
而且，無論是什麼種的細胞，在生化營生上是很接近的。
不管是鐵硫菌還是藍綠菌，都是打斷化學鍵結取得啟動電子傳遞鏈的能量（人也是），藍綠菌的特點在於可以打斷較「堅固」的水原子化學鍵，得到更大的能量。（也就是光合作用）
都已經簡單到這樣了還想有中間種～～= =6
一些生物化學家認為三個細胞類是從一個相同的祖先進化而來，因為假設一個獨立的生命來源多次出現會有更大的困難。這個相同的進化祖先，和眾多的進化中間生物，都是理論構想的產物，對一個達爾文主義者來說，這些假想的產品都是邏輯上必須有但事實上卻沒有任何實驗的證明。
先定義「證明」。
一般認為真核生物是原核生物「潛入」來的。（「潛入」是沒有中間生物的～廢話）
約翰遜暗示說，現代各門是如此不同，它們不可能具有共同的祖先，並爭辯說，缺少能夠鏈結各門的化石證據，這對進化論是致命的。實際上，各門的鏈環是存在的，它們表示著共同祖先，而我們並不需要化石來表明這些鏈結。要把原核生物和真核生物鏈結起來，我們有生物化學的證據，表明真核細胞中的粒腺體來自某種原核細菌（也就是說，現代真核生物是與某種原核生物相結合的早期真核生物的後代）。
2003年也發現原核細胞中存在胞器（一般原核生物沒胞器），可以算中間物種的證據了吧～=
=6
http://news.bbc.co.uk/1/hi/sci/tech/3003946.stm
這使我們想到這一章開始時所提及的第二個問題：達爾文主義堅持自然選擇作用具有重大的創造力，使最微小的有利突變在繁殖中的生物群體內廣泛傳佈，因為這些突變的累積，引致如同翅膀和眼睛的複雜新構造的進化。上文已提及，一般認為有創造性的自然選擇缺乏實驗性的支持，而且化石在證據上剛好是這理論的反證。分子生物學的證據使人更加懷疑這個學說，因為生物與生物之間有相當的遺傳距離。
一錯再錯的「自然選擇創造力」。
拿科學家來虎爛的「化石證據」…..
這小子真的知道什麼叫做天擇的「創造性」是啥嗎？………= =
假想以一個哺乳動物的進化過程為例，當它從爬蟲祖宗分化發展以後，加上很多其他分化的進化，其中一個方向是向海洋發展，經過一些難以想像的適應，變為一條鯨魚，另一個方向是向樹梢和洞穴發展，按部就班地學習飛翔，還要發展一套像“聲納”性質的導航本領，取代視覺。這兩個方向的經歷和最後的形像是多麼不同，但對細胞色素C的發展速率卻似乎全無影響，因為根據現代鯨魚與蝙蝠中的同源分子，與現代如蛇類爬蟲分子的比較，它們有大致相同的變化程度。但是蛇類是從一個與哺乳類完全不同的方向進化而來的。下文我們會解釋為何這種奇異的現象被稱為“分子時鐘”（molecular
clock）。
有沒有看到？「學飛」、「還要發展聲納」全都是「他」的假設。
有種理論叫做「鑲嵌演化」，當基因某些地方狂變的時候，另一些基因幾乎沒改變（這也是常識吧…= =）。
何況…在「此時」存在的所有生物都走過相同的演化時間（晚出現的，之前的祖先也走過），這種「差異度相似」說真的沒什麼問題的。
PS︰注意！神創論者常常批評漸變論的天律不變，現在又拿起「天律不變」來樹稻草人囉。（真是沒學術道德）
究竟這種巧合現像是如何產生的？可能因為分子進化的速率獨立於表型進化的速率，且不受自然選擇的影響；換言之，如果分子以時鐘般的速率進化，那一定是一種常規突變的產物，不太受那些導致表型的劇變及長期穩定的環境因素的影響。這就是木村資生（Motoo
Kimura）所提倡的分子中性突變的理論。
這個理論（1968）不合現有發現，族群中的變異較它預測少，變異不只是
genetic drift 及突變，最後就是天擇對生物影響到達 nucleotide
程度，演化論學者比作者還早發現這些問題並捨棄中性突變論，下面一長串文章沒有意義。
我來多蓋一點。
純就想法上～其實木村的說法與其說是「批判」還不如說是「外掛」，說明那些「無關天擇」的突變可以不受天擇選擇而囤積。
還有縱使沒突變，小群體一樣能藉著基因飄移產生「改變」。
還是演化論就是了，不過是「無天擇」甚至「無突變」時的演化。
（某些程度上～木村的「成就」似乎不比達爾文低）
再度證明，物種原始不是聖經，達爾文不是上帝，有能耐就來更改，你就能成為下一個達爾文。
許多達爾文主義者起初覺得這套理論不可信。突變總是發生在個別生物身上，靠自然選擇的作用傳播到一個繁殖的群體中。一個中性的突變，原則上不會增加生物的繁殖功能，怎麼發展成為整個族群的特點呢？而且在生物體內分子的生化構造的改變，又如何能不影響生物的適應性呢？
現在木村的東西確實不出名（也很多批駁之聲）….=
=6
還是有人讀就是了～而且科學界一樣接受木村的論文～比神創論接受多了。
木村的中性論與選擇論最大且唯一的差異在於～
http://unit.xjtu.edu.cn/unit/fsc/jiaocheng/sheng1/5.htm
直至現在，選擇論者與中性論者的議爭仍在繼續。
這兩大學派的本質區別可通過它們各自對突變基因如何在物種內置換老基因這一進化過程的不同解釋來洞悉。每一置換剛出現時在群體內均為稀有的突變等位基因，隨後擴散至個群體並被固定，即頻率達100%。
選擇論者認為：一個突變的等位基因在物種內擴散，就必需具有某些選擇上的優勢，如在選擇上為中性，就必需與一選擇上具優勢的基因緊密連鎖，通過“搭車”而達到較高頻率。
與此相反，中性論者認為：一些突變在沒有任何選擇優勢的情況下也能自身在群體中擴散。如果一突變體在選擇上等同於已存在的等位基因，其命運將取決於機會–隨機，其頻率存在上下起伏，因為在每代每一雌、雄個體所生的大量配子中只有很少數配子最終被“採用”以形成合子以及相應的個體，並出現在下一代中。
在這種隨機漂變（random
drift）中，絕大部分突變等位基因隨機丟失，但有一少部分在群體中被固定下來。如果中性突變在分子水平上普遍存在，且隨機漂變在很長時間（如百萬年）一直延續，群體的遺傳組成將發生顯著性改變。群體中出現的任何中性突變其最終固定的概率都等於其原始頻率，其固定的平均時間四倍於有效群體的大小（它近似等於每一代參與繁殖的個體數，通常遠小於物種的個體總數）。
中性理論並非認為中性基因無功能，而僅是認為不同的等位基因在促進個體的生存與生殖方面是有等同的效果。此外，還需強調個體基因突變與群體基因置換的差別，因為只有後者才與分子進化相關。
說真的…或許可以說成達爾文演化論的外掛。（也就是不只「良性基因」天擇留存，中性基因也能隨機留存）
缺點呢？
問題是，它作為一種更基本層次－分子水平的進化理論未能給更高層次的進化提供理性闡釋與描寫。中性論者過多地注目於與功能無關的分子進化，而忽視了與功能相關的分子進化現象與規律的探索，這恐怕是中性理論之所以能問世，但同時又先天性地帶上無視宏觀進化，對宏觀進化束手無策這一天然缺陷的癥結所在。
簡單說～他看到「無關功能」的中性突變，卻忘了「有關功能」的非中性突變。
中性突變理論者有他們的答案：他們認為很多分子上的變異沒有改變生物的生理，比如生物體內有很多多餘的脫氧核糖核酸，並不構成蛋白質，而DNA語言中含有同義字，說明不同的排列表達相同的”信息”。在沒有影響生物外貌的功用的情況下，沒有人會認為自然選擇可以影響分子進化的方向。
中性突變機緣巧合地發生，而且遺傳給後代。一種突變經過長期的基因漂移（在碰巧的情況下得以生存），成為族群的特性，由於缺乏特殊的環境，中性突變理論預料，在現代生物族群中有高度的異合性（heteozygosity，即生物基因中兩種不同形態的並存），自然選擇會淘汰不適合生存的生物，中性突變和進化原則上不會淘汰任何種類，在現代生物的族群中，異合性的程度比自然選擇作用所容許的範圍更高。
木村資生承認他的理論的成立，有賴於過去的突變速率、族群大小及自然選擇的假設。這些假設都不能用客觀的方法印證，儘管邏輯上是圓通的。然而，當他認為一個”功用上”的遺傳異態是否被淘汰，乃是根據它有無影響生物生存和繁殖的能力，他的理論根基就被極大地搖動了。他說：
中性理論……並非假設中性的基因沒有功用，只是假設不同的基因可能對生物本身的生存和繁殖都有相等的效果……有些對中性理論的批評是根據”自然選擇”的一個錯誤定義。這個名詞應以純正的達爾文思想來應用：自然選擇必須以個別生物的生存和繁殖本能來實現其作用。兩種不同的分子形態可測知的功能性差異並非這作用的證據，因為這作用只能用生存能力和繁殖能力來衡量。
他的論調不過是想挽救那將被推翻的自然選擇的又一個嘗試，企圖以同義反覆替自然選擇作用重新下定義。如果說，“適者”只能以生存的本能和繁殖的成功來鑒定，那麼，中性進化和選擇進化並無實質的區別，因為兩種論調都是要解釋“適者生存”的機制，“適者”就是“生存”的族群。
中性進化論者也能解釋中性分子進化能與生物表型適應環境的進化共存。因為分子的突變率太高，其中應不乏少部分對生物有利的突變被自然選擇採納，用於生成複雜的能適應環境的構造。根據這個不能被證實的假設：就算大部分的分子突變是中性的，生物的表型仍可按自然選擇來進化。木村資生還強調自然選擇作用在中性理論中扮演重要的園丁角色。不少證據支持自然選擇作用在分子架構上的主要功能乃是防止改變，因為在無重要生理作用的分子的行列發現較多的異態，但在關鍵生理功用的分子排列上的異態卻較少。
很簡單的想法，天擇只幹掉不適應的突變，至於其他有利或者中性突變通通因為死不了而留下。
不管中性理論在其他方面有什麼影響，這些分子生物證據，並沒有為自然選擇的假設帶來它所急切需要的印證。自然選擇作用只能以同義反覆的方法，，或與客觀現實全無關係的推論，來解釋建造複雜構造的機制。在大自然中可觀察到的自然選擇作用，只能在一個生物所容許的範圍中，導致少量的異態，而且還明顯地保存這範圍的限制。達爾文主義所提倡的創造性的自然選擇作用仍然缺乏實驗上的證據。
開始繼續「自然選擇是同義反覆」。
中性進化和和選擇進化的爭論不需要任何結論，因為雙方各從不同的數據中獲益。雙方都接受達爾文的理論：自然選擇作用影響生物的表型，但是漫無目的的遺傳基因的突變乃是進化的原料。中性理論的面世，並非要向達爾文主義挑戰，而是以一種幻想力來解釋與傳統理論衝突的證據。它不僅沒有攻擊達爾文的理論，還增強了達爾文主義的解釋能力。
幻想？繼續栽贓～
這種行為才叫做「幻想」。
時鐘速率樣式的中性突變理論，是測量巨分子進化情況的一個有力工具。如果我們假設現代一切的生物都是源於同一祖先，其間一連串的過渡中間生物都已滅亡，那麼我們可以估計任何兩種生物何時從同一祖先分化，因為這些同僚的巨分子之中的突變速率都是大致固定的，所以這“分子時鐘”只需按照每一種生物和它假想中的進化祖先在化石中的年齡來調整。在其他生物中的類似分子大致也是按照相同的速率進化，那麼生物化學家可以從兩種生物的分子排列的比較，來衡量它們何時從假想的祖先分化進化而來。
這“分子時鐘”被加州大學柏克萊分校的艾蘭‧威爾遜和文森特‧薩裡奇用來改變人類的進化歷史。人類學者根據化石的證據推論人與猿的分化至少在
1500 萬年前就已開始，但是分子的證據卻支持 500–1000
萬年的數字，大部分學者根據分子生物學的研究接受人與猿是在
700
萬年前從同一祖先分化進化而來。最近威爾遜還根據只從母系遺傳的線粒體的脫氧核糖核酸鹼基排列來衡量人類的進化，結論是全人類都是在
20
萬年前從非洲一個女人進化而來。人類學者卻不接受這結論，因為他們相信在非洲以外發現的直立人化石與現代人仍有關係。在人類的進化問題上化石學者與分子生物學家還在爭論誰是誰非。
科學的常態～
有理就通～盡力證明自己的理論是對的。
達爾文主義者常常引用“分子時鐘”作為證明“進化乃事實”的決定性證據。這一理論可以唬住那些不從事科學研究的人：它有著冷峻的技術性的外貌，像魔術般地運作，能提供似乎很精確的數字；它來自於一個全新的科學分支，達爾文和創立新達爾文主義的人都未曾知悉，而科學家都說它能獨立地證實他們告訴我們的那些東西。“高技術”的號召力使人注意不到這個“分子時鐘理”論早已“假設”了它所要證明的“理論”：即一切生物都有一個共同祖先。
各位看到沒？作者先提一個演化時間計算方式。然後就宣稱演化論者以一個計算年代的方法證明「演化乃事實」，然後打倒這個計算年代方式，當作打倒演化論（同理證之於「中性突變論」）
似乎當作演化論是蓋在這些「計算」上的沙灘魔堡～～～= =
真不長進的神創論者。
其實分子生物證據是分類學證據的改寫，分子生物關係大致上（但並非全面性地）與表型生物關係協調。分子生物學所推測的進化分化年齡與化石證據中生物首次出現的估計大致相符。【注二：在本章中我只接受中性理論和分子時鐘的表面論調，但是我要在此處聲明這些立場正在受到各方面的挑戰，在羅傑爾﹒盧因最近出版的一篇評論中有以下的說法：「根據進化歷史中突變的固定積累率來估計新品種產生的時間，這個理論正在受到嚴重的抨擊。」根據自然選擇的立場來看，它們卻是不夠固定，艾蘭‧威爾遜如此說：「很多用數學模型來衡量進化過程的生物學家已漸漸相信，分子進化過程之中所積累的突變不是中性的，他們認為分子進化不是按照固定的速率，而可能是長期的不變中加上突然的劇變，如果這理論是對的，如何解釋分子時鐘的過程，將是一個日漸增大的挑戰。」所以我們現在所能作的結論，乃是生物之間分子結構的比較，大致上與外表特徵的比較相符，這些生物之間的關係，可能是由可變或恆定速率的進化而來。】生物外表特徵和分子特徵，都可能說是從一個假想的進化祖先發展變異而來，如果這進化祖先是存在的話。
你接受那是你家的事～= =
「我只接受聖經說圓週率是3，但是圓週率其實是3.1415….無限小數，所以聖經錯了。」
要耍賤大家都會～
（我接受這個、我接受這個，然後這兩個科學界說是錯的，所以演化論是錯的）
這老兄不該幹法官和律師，該去當神棍，賺的錢會比較多。（搞不好還能當「現任基督」）
對一個達爾文主義者來說，上述立場不單是支持進化論的證據。它就是進化論，因為達爾文主義者相信，一切生物之間的關係都是進化的關係。根據這種假設，他們需要引申其他理論，包括自然選擇作用的創造能力，使簡單的生物祖先進化成為複雜的後裔。基於這種邏輯系統，達爾文主義者認為，凡是不相信在緩慢的自然作用下，從無核細胞進化到人類的科學理論的人，都是科學精神的叛徒。
繼續栽贓…
要是分子的變異是唯一需要達爾文主義解釋的問題，那麼中性突變的理論仍可用來描述分子之間的關係。但是最難的是這些分子需要在分子體內運作，這些生物也要像分子進化一樣從祖先進化而來。這些進化的共同祖先核過渡的中間生物，至今仍不過是存在於假想的領域中，經過成年累月的尋索，在化石中仍然沒有找到。
中間物種化石有千多種～還沒有…..= =6
作夢的沒有吧～
更為重要的是科學仍不能以自然的機制來解釋達爾文理論的重要假設––生物由簡單進化為較複雜的形態和功用。一套只能解釋生物變異，而不能增加生物重要功能的理論，不足以解開生物進化之謎––生物巨分子之來由，和一個單細胞如何演變成為複雜的動物或植物。
生物變異就包含了簡單到複雜的變異，作者在玩弄文字遊戲。
其實分子生物學的發現，更增添了生物構造的奧秘：分子本身也屬於一套需要各部分互相協調方能運轉的複雜機器的一部分。譬如紅血素本身有那麼複雜的構造和功用，使人有時用“分子肺臟”來形容它。在每一層面的複雜性增加之後，使用突變和自然選擇來解釋生物構造的進化的嘗試更顯得困難。
又在假設一個複雜的機制在「完成」前「毫無功用」….
既然前面敢引用道金斯和古爾德的東西，「盲眼鐘錶匠」和「達爾文大震撼」不會沒看過吧～= =6
因此，分子生物的證據並沒有支持所有生物祖先相同的假設，也沒有證實達爾文理論的準確性。其實還沒有人以分子生物的證據來檢驗達爾文主義。正如對其他的證據的處理方法一樣，達爾文主義者順著他們先入為主的大前提，只企圖在一切研討之前，尋找支持他們理論的證據，而真正的科學問題–如果沒有達爾文主義的大前提，分子生物證據是否能夠證實達爾文的理論––卻從未受人注意。
因為夢作太多、栽贓栽過頭，所以「分子生物的證據並沒有支持所有生物祖先相同的假設，也沒有證實達爾文理論的準確性」。自我麻痺是你家的事，想帶著花崗石腦袋去見上帝讓他把你踢下來也是你的事，就是不要給我裝笑唯騙人～
因此，我們看到創造/反演化/微演化基本教義陣營的不誠實及白目。
作者是法律學教授，姑且不論其背景下能搞懂多少演化論的東西，姑且不論他能挖的資料都已經過時，他的文章中還是照例充滿了邏輯謬誤。
身為一個法律學教授，還會犯邏輯謬誤，除了歸功於他對演化論的無知外，就是他玩弄這些技巧只為了打倒演化論。
反演化律師說︰證明這個對，證明這個對，證明這個對，證明這個對…但他不但不證明他的是「錯」的，而且他也沒證明他的理論（如果有）是對的。
在本章中我們論及生物體內最基本的巨分子：蛋白質和核酸的異同。還未解決的問題是：究竟這些複雜的構造從何而來？下文我們要討論一下生命的來源問題。
又是聲明句…….= =6