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首先用維基來複習一下孟德爾發現的遺傳定律。
眾所皆知的是這個定律是孟德爾在修道院裡面種豌豆種出來的，某程度來說孟德爾的運氣不錯，因為豌豆在這方面的遺傳表現比較單純，如果他用的是別種作物，或許遺傳定律不會這麼早出現。
孟德爾的發現雖然不被當時的人重視，但他的理論卻開創出人類對於「基因」的理解，過去的人類對遺傳的理解是「一加一除以二」的想法，但孟德爾理論卻證明遺傳有個基本單位，也促使人類發現ＤＮＡ。

有趣的是，孟德爾雖然是神職人員、研究的進行場所也是修道院（當然他是天主教的），但他老兄實際上是個神導演化論者。當然，天主教徒有這種思想並不令人訝異，只是不免讓人覺得，在新教分裂之後，被認為是「腐敗固執舊教」的天主教反而比很多自以為開放的新教教派更能接受現實。

在達爾文當時，孟德爾的理論還不被重視，因此達爾文的演化論也不會提到這個理論，達爾文的理論還是以當時流行的遺傳理論做思考，這也讓神創信徒有洞可鑽，畢竟整套演化論之中要找到立論根基本身是錯誤的部分，其實很少。

不過，孟德爾的發現是證明有基因，以及闡述遺傳的方式，這個理論對演化論來說，一開始可能是個需要變更模型的麻煩，但變更後的模型，卻仍然是演化論。
原因很簡單，就是孟德爾遺傳定律和演化論其實只有一部分相關。

遺傳現象的發現，遠比孟德爾和達爾文理論早，因此達爾文時代也知道遺傳這種現象。在演化論中，遺傳的地位就是將既有的性狀基因傳遞下去，反過來說，只要能傳遞性狀，方法是打西瓜牛奶還是靠成對基因分配結合其實都沒有關係。
因此孟德爾的理論雖然震撼生物界，但並沒有「與演化論矛盾」這回事。

也因為這個事實，有些神創信徒改宣稱演化論建立在突變上，與孟德爾理論牴觸，例如以下水藍色的這種宣稱：
進化論與孟德爾遺傳學矛盾。孟德爾遺傳學告訴我們生物品種的恆常律。種瓜得瓜，種豆得豆，不會改變。進化論卻說，種瓜種得久會種出豆來，種豆種得久也會種出瓜來。這是臆測，沒有實驗證明。孟德爾的遺傳學是實驗的科學，達爾文的進化論是無法實驗求證的猜想。這些都是無法妥協的基本矛盾。

演化論確實建立在突變上，因為只有突變會產生新性狀，但突變這種現象本來就不是孟德爾理論所能解釋的東西，它是凌駕一切理論的現象證據（就像太陽存在一樣），突變的存在反而挑戰了孟德爾理論。（事實上除了突變之外，還有更多遺傳現象是「非孟德爾遺傳體系」的，例如「量的遺傳」就是。）
這類信徒除了十分荒謬的將突變現象視為「演化論的空想」之外（或許他們吃的香蕉還是皮厚酸澀又有子的），也拼命宣稱突變都是壞的。
不過突變是好是壞，都只是人類後來的定義，實際上只要突變不致死（或強烈劣化個體繁殖力），這個突變就有可能傳遞下去。也就是說，要能遺傳的突變，除了有利之外，其實只需要「非有害」即可，這也就是中性理論所提供的新方向。

而突變是否有害，也不見得永遠一樣。比較有名的例子是人類的CD4受器變異，某些人輔助T細胞上的的CD4受器型態與正常人不同，這使得這些人的抵抗力較低，但卻也反而使專找CD4下手的HIV（就是愛滋病毒）對細胞的結合力降低，因此這些人對AIDS有較強的免疫力。

2007年華盛頓大學的Shari M. Kaiser等人提出，數百萬年前人類的TRIM5α（三方基序蛋白質5α）突變，使得人類對PtERV1（黑猩猩內生型反轉錄病毒）這種上古病毒有較強的抵抗力，但這個突變卻使得人類對之後產生的HIV毫無抵抗力，這時反而是沒有突變的原版比較有能力對抗HIV。

這也是突變有利不利大轉彎的例子，畢竟外在的環境本來就不像信徒所想的那樣萬世不變。